Osadnictwo na tych terenach sięga do prehistorii. Na wzgórzu Hradisko w dzielnicy Přerov-Předmostí jest znane w świecie znalezisko archeologiczne z wczesnej epoki kamiennej.

Najstarsza pisemna wzmianka o mieście Přerov pochodzi z 1131 roku, miastem królewskim uczynił Přerov Przemysł Otokar II w 1256 roku.

Přerovski zamek, wybudowany na miejscu pierwotnego grodu, był siedzibą możnych rodów - Pernštejnów i Žerotínów, z których Karel starszy ze Žerotína miał wyraźny wpływ na dzieje miasta.

Přerov jest zasłużenie nazywany miastem Blahoslava i Komenskiego, najwybitniejszych postaci Jednoty Braci Czeskich i czeskiej oświaty XVI i XVII wieku.

Budowa trasy kolejowej w 1841 roku przyniosła miastu Přerov szybki rozwój przemysłu i rolnictwa, zwłaszcza przemysłu maszynowego, energetyki, przetwórstwa konopi, browarnictwa i cukrownictwa. Później dołączył przemysł chemiczny, produkcja wyrobów skórzanych i przyrządów optycznych.

Obecnie Přerov jest ośrodkiem społecznym, administracyjnym i kulturalnym z rozwijającą się ekonomiką.